清潔的玻璃器皿是得到正確的實驗結果的重要條件之一。根據所盛放的物品、洗滌劑的類別和沾污程度等的不同清洗方式有所不同。
常規清洗方法有兩種：
一是機械清洗方法，即用刮、刷等方法清洗；
二是化學清洗方法，即用各種化學去污溶劑清洗。
具體的清洗方法要依污垢附著表面的狀況及污垢的性質決定。
新購置的玻璃器皿中含有游離堿，應用2％的鹽酸溶液浸泡數小時，以中和其堿質，再用水充分沖洗干凈。
三角瓶、培養皿、試管等可用毛刷蘸洗滌劑或去污粉或肥皂洗去灰塵、油污、無機鹽等物質，然后用自來水沖洗干凈。
洗刷干凈的玻璃器皿烘干備用。針對染菌的玻璃器皿，應先經121℃高壓蒸汽滅菌20～30min后取出，趁熱倒出容器內的培養物，再用熱的洗滌劑溶液洗刷干凈，最后用水沖洗。
染菌的移液管和毛細吸管，使用后應立即放入5％的石炭酸溶液中浸泡數小時，先滅菌，然后再沖洗。
含有瓊脂培養基的玻璃器皿先用小刀或鑷子、玻璃棒將器皿中的瓊脂培養基刮下。如果瓊脂培養基已經干燥，可將器皿放在少量水中煮沸，使瓊脂熔化后趁熱倒出，然后用水洗滌，并用刷子沾洗滌劑擦洗內壁，然后用清水沖洗干凈。
注意事項
1.洗滌液具有腐蝕作用，玻璃器皿浸泡時間太長，會使玻璃變質。
2.洗滌液若沾污衣服和皮膚應立即用水洗，再用蘇打水或氨液洗。如果濺在桌椅上，應立即用水洗去或濕布抹去。
3.玻璃器皿投入洗滌液前，應盡量干燥，避免洗滌液稀釋。
4.洗滌液的使用僅限于玻璃和瓷質器皿，不適用于金屬和塑料器皿
5.有大量有機質的器皿應先行擦洗，然后再用洗滌液，洗滌液雖為很強的去污劑，但也不是所有的污跡都可清除。
6.盛洗滌液的容器應始終加蓋，以防氧化變質。
7.洗滌液可反復使用，但當其變為墨綠色時即已失效，不能再用。
